3 Dicembre 2021
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Cos’è il content bias di GC?

La distorsione del contenuto di GC descrive la dipendenza tra il conteggio dei frammenti (copertura della lettura) e il contenuto di GC trovato nei dati di sequenziamento Illumina. Questo bias può dominare il segnale di interesse per le analisi che si concentrano sulla misurazione dell’abbondanza di frammenti all’interno di un genoma, come la stima del numero di copie (DNA-seq). Il bias non è coerente tra i campioni; e non c’è consenso sui migliori metodi per rimuoverlo in un singolo campione. Analizziamo le regolarità nei modelli di GC bias e troviamo una descrizione compatta per questa famiglia di curve unimodali. È il contenuto di GC del frammento di DNA completo, non solo la lettura in sequenza, che influenza maggiormente il conteggio dei frammenti. Questo effetto GC è unimodale: sia i frammenti ricchi di GC che quelli ricchi di AT sono sottorappresentati nei risultati del sequenziamento. Questa evidenza empirica rafforza l’ipotesi che la PCR sia la causa più importante del bias di GC. Proponiamo un modello che produce previsioni a livello di coppia di basi, consentendo la correzione dell’effetto GC specifico del filamento, indipendentemente dal livellamento o dal binning a valle. Queste considerazioni di modellazione GC possono informare altre analisi di sequenziamento ad alta produttività come ChIP-seq e RNA-seq.

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Stima del modello a posizione singola. (…

Stima del modello a posizione singola. ( A ) Le posizioni mappabili lungo il genoma sono…

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Curve GC (10 kb bins). Conteggi di frammenti osservati e linee di loess tracciate contro…

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Modelli a posizione singola. ( A ) Le curve in alto rappresentano i punteggi TV per…

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Ritardi diversi. ( A ) Curva GC della finestra prima del frammento,…

Tasso di frammento per lunghezza e…

Tasso di frammenti per lunghezza e GC. ( A ) Una mappa di calore descrive…

Effetto della frammentazione. A sinistra: abbondanza relativa…

Effetto di frammentazione. A sinistra: abbondanza relativa di nucleotidi in posizioni fisse rispetto al frammento…

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Aggregazione delle stime delle singole posizioni. ( AC ) Stime basate su…

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Conteggi corretti del campione normale. ( A ) Conteggi in bins da 1 kb…

Guadagno CN dal campione tumorale….

Guadagno CN dal campione tumorale. Conteggi e conteggi corretti alla posizione 29 000…

Confronto con la variazione di Poisson. 0.1…

Confronto con la variazione di Poisson. 0.1 e 0.9 quantili di conteggi osservati raggruppati per…

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Cosa causa la distorsione del contenuto di GC?

GC content bias descrive la dipendenza tra il conteggio dei frammenti (copertura di lettura) e il contenuto di GC trovato nei dati di sequenziamento Illumina. … Questa evidenza empirica rafforza l’ipotesi che la PCR sia la causa più importante del GC bias.

Perché un alto contenuto di GC è negativo per il sequenziamento?

Stabilità: Termica e strutturale. Le sequenze di DNA ricche di GC sono più stabili delle sequenze a basso contenuto di GC. Per la PCR, questo significa che maggiore è il contenuto di GC, maggiore è il punto di fusione del DNA. Sotto pressione, come quando sono esposte al calore, le sequenze ricche di GC possono sopportare molti più abusi rispetto alle sequenze a basso GC.

Come si calcola la distorsione del GC?

Il contenuto di GC è solitamente calcolato come valore percentuale e talvolta chiamato rapporto G+C o GC-ratio. La percentuale di contenuto di GC è calcolata come Conteggio (G + C)/Conteggio (A + T + G + C) * 100%.

Perché il contenuto di GC è importante nel sequenziamento?

Si prevede che la composizione delle basi del DNA genomico (contenuto di GC) influenzi significativamente il funzionamento del genoma e l’ecologia delle specie. … Si ipotizza che uno dei principali vantaggi selettivi del DNA ricco di GC sia quello di facilitare una regolazione genica più complessa.

Cosa succede se il contenuto di GC è alto?

L’alto contenuto di GC del gene genera complicazioni durante la progettazione del primer come il mismatch e l’alta temperatura di ricottura, la formazione di auto-dimeri e la struttura secondaria. A volte, l’amplificazione del gene non si ottiene di routine con le normali tecniche di PCR.

Cosa significa un contenuto di GC più alto?

Un livello di contenuto di GC più alto indica una temperatura di fusione relativamente più alta.

Cosa si considera un alto contenuto di GC?

Sopra il 60% è considerato alto GC e quindi Actinobacteria, e sotto il 60% è considerato basso, e quindi Firmicute. … Il contenuto di GC può aiutare nella demarcazione delle specie batteriche.

Cosa indica il contenuto di GC?

In biologia molecolare e genetica, il contenuto di GC (o contenuto di guanina-citosina) è la percentuale di basi azotate in una molecola di DNA o RNA che sono guanina (G) o citosina (C).

Qual è un buon contenuto di GC?

Cercate che il contenuto di GC sia tra il 40 e il 60% con il 3′ di un primer che termina in G o C per promuovere il legame. Questo è noto come un morsetto GC. Le basi G e C hanno un legame idrogeno più forte e aiutano la stabilità del primer. … Una buona lunghezza per i primer PCR è generalmente intorno alle 18-30 basi.

Quali batteri hanno un alto contenuto di GC?

I batteri aerobici che fissano l’azoto hanno un contenuto genomico di GC più alto rispetto alle specie non fissanti all’interno dello stesso genere. Eredità.

Quale dovrebbe essere il contenuto di GC di un primer?

Cercate che il contenuto di GC sia tra il 40 e il 60% con il 3′ di un primer che termina in G o C per promuovere il legame. Questo è noto come GC Clamp. Le basi G e C hanno un legame idrogeno più forte e aiutano la stabilità del primer. … Più corti sono i primer, più efficientemente si legheranno o si anneriranno al bersaglio.

Perché i primer hanno un alto contenuto di GC?

I legami GC contribuiscono maggiormente alla stabilità – cioè all’aumento della temperatura di fusione – del primer e del template, legandosi più dei legami AT. I primer con un contenuto di GC dal 40% al 60% assicurano un legame stabile tra primer e template.

Cos’è la regola GC?

La “regola GC” di Chargaff è che il rapporto tra (G+C) e le basi totali (A+G+C+T) tende ad essere costante in una particolare specie, ma varia tra le specie.

Cosa ti dice un contenuto di GC più alto?

Un più alto contenuto di GC indica una temperatura di fusione relativamente più alta.

Perché si raccomanda di avere un contenuto di GC del 40% 60%?

I legami GC contribuiscono maggiormente alla stabilità – cioè all’aumento della temperatura di fusione – del primer e del template, legandosi più dei legami AT. I primer con un contenuto di GC dal 40% al 60% assicurano un legame stabile tra primer e template.

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